Súnion ha participat, com a centre associat, a diversos projectes Comenius integrats en l’acció del programa Sòcrates per a la cooperació dins l’àmbit de l’educació. Els Comenius promouen les associacions entre centres escolars dels diferents quinze estats membres de la Unió Europea, a més d’Islàndia, Liechtenstein i Noruega i treballen en col·laboració en un Projecte Educatiu Europeu (PEE) en els àmbits de l'educació primària i secundària.

Durant el curs 1996, vàrem ser convidats a col·laborar en el projecte «L’home i ambient en les ciutats d’aigua». Aquest projecte es va desenvolupar durant tres cursos i s’hi van treballar, especialment, aspectes científics i històrico-culturals de cada ciutat participant. Va estar coordinat pel Liceo Scientifico Statale «G. B. Benedetti» de Venècia i, a més de nosaltres, hi estaven associats els centres: Otto Hahn Schule de Frankfurt (Alemanya), Thomas Mann de Lübeck (Alemanya) i St. Finbarr’s College de Cork (Irlanda).

Durant aquest temps, es van fer reunions de coordinació del projecte a Frankfurt, Cork i, finalment, a Venècia on es va presentar el treball final i es van analitzar els punts comuns i diferents de cada ciutat.

Així mateix, la nostra Escola ha rebut la visita d’alumnes i professors dels centres de Frankfurt, Lübeck i Venècia. Aquestes trobades han estat beneficioses per a tots, ja que s’han pogut promoure i intercanviar les idees pedagògiques entre els centres i fomentar la cooperació més àmplia i intensa entre aquestes institucions.

Al curs 2000-01 hem participat també com a centre associat en un altre projecte Comenius: Els orígens, coordinat pel Liceo Scientifico Statale «G.B: Benedetti», i a més de les escoles esmentades en l’altre projecte, hi participen l’ITTS «Carlo Zuccante» de Venècia, el Keskool de Tallinn (Estònia) i el Zespol Szkol (Cracòvia). En aquest projecte, es fa l’anàlisi sobre els orígens d’alguns processos naturals i socials, com la vida a la terra, l’home, les identitats nacionals dels diferents països per aconseguir una consciència europea, etc.